Разумные атомы: новый подход к научным открытиям

Автор: Денис Аветисян


Исследователи представляют инфраструктуру AtomisticSkills, позволяющую автоматизировать сложные вычисления и ускорить поиск новых материалов.

В рамках AtomisticSkills сформирована обширная библиотека агентивных навыков, охватывающая материаловедение, химию, разработку лекарств и машинное обучение, где каждый навык выступает как самостоятельный, компонуемый модуль для построения комплексных исследовательских процессов.
В рамках AtomisticSkills сформирована обширная библиотека агентивных навыков, охватывающая материаловедение, химию, разработку лекарств и машинное обучение, где каждый навык выступает как самостоятельный, компонуемый модуль для построения комплексных исследовательских процессов.

Открытая платформа для создания интеллектуальных агентов, способных выполнять научные исследования в области материаловедения и вычислительной химии.

🚀 Квантовые новости

Подключайся к потоку квантовых мемов, теорий и откровений из параллельной вселенной.
Только сингулярные инсайты — никакой скуки.

Присоединиться к каналу

Несмотря на стремительное развитие вычислительной материаловедения и химии, фрагментированность программных экосистем затрудняет проведение комплексных исследований. В данной работе, ‘Harnessing AtomisticSkills for Agentic Atomistic Research’, представлена платформа AtomisticSkills — открытый каркас, позволяющий агентам искусственного интеллекта проводить автономные исследования в материаловедении, химии и разработке лекарств, посредством модульного разложения научных задач на специализированные навыки и инструменты. Эта система, интегрирующая более 100 тщательно отобранных мультидисциплинарных функций, включая доступ к базам данных, моделирование термодинамики и кинетики, а также симуляции с использованием машинного обучения и теории функционала плотности, демонстрирует высокую эффективность в решении задач от дизайна твердых электролитов до скрининга катализаторов. Способна ли AtomisticSkills стать основой для создания полностью автономных научных агентов, способных к самостоятельному открытию новых материалов и лекарств?


Узкое Горлышко в Атомистических Исследованиях

Традиционные атомные симуляции, несмотря на свою важность в понимании свойств материалов на фундаментальном уровне, характеризуются значительными вычислительными затратами и требуют существенных усилий при разработке рабочих процессов. Каждая симуляция, будь то молекулярная динамика или метод Монте-Карло, требует тщательной подготовки входных данных, выбора подходящих параметров и последующего анализа результатов. Этот процесс часто включает в себя ручную настройку каждого этапа, что делает его трудоемким и подверженным ошибкам. Более того, вычислительные ресурсы, необходимые для моделирования даже относительно небольших систем в течение достаточно длительного времени для получения статистически значимых результатов, могут быть непомерно высокими, что ограничивает масштабируемость исследований и препятствует быстрому скринингу новых материалов. Таким образом, потребность в автоматизации и оптимизации этих процессов становится все более актуальной для ускорения научных открытий в области материаловедения и химии.

Современные методы моделирования материалов сталкиваются с существенными трудностями при исследовании обширных химических пространств, что замедляет процесс открытия новых материалов. Проблема заключается в экспоненциальном росте вычислительных затрат с увеличением числа рассматриваемых химических соединений и их конфигураций. Традиционные подходы, требующие ручного проектирования и проведения множества симуляций, оказываются неэффективными при поиске материалов с заданными свойствами в огромном количестве возможных вариантов. Это ограничивает возможности быстрого выявления перспективных кандидатов для дальнейших экспериментальных исследований и препятствует ускорению инноваций в материаловедении. Поиск оптимальных материалов становится всё более трудоёмким и ресурсозатратным, требуя разработки принципиально новых подходов к автоматизации и оптимизации процесса исследования.

Необходимость в автоматизированных, адаптируемых и масштабируемых исследовательских платформах становится все более острой в современной науке о материалах. Традиционные подходы к атомным симуляциям, требующие значительных ручных усилий и вычислительных ресурсов, уже не успевают за потребностями быстро развивающейся области. Разработка новых материалов требует одновременного исследования огромного количества химических соединений и конфигураций, что практически невозможно осуществить без инструментов, способных самостоятельно проектировать, выполнять и анализировать расчеты. Автоматизация позволяет не только ускорить процесс открытия материалов с заданными свойствами, но и адаптироваться к новым данным и изменять исследовательскую стратегию в реальном времени, что принципиально важно для эффективного использования ресурсов и достижения прорывных результатов. Масштабируемость же обеспечивает возможность проведения расчетов, необходимых для решения сложных задач, с использованием доступных вычислительных мощностей.

Существующие вычислительные схемы в атомных исследованиях зачастую демонстрируют недостаточную адаптивность к поступающим данным и изменяющимся исследовательским задачам. Вместо динамической перестройки процесса моделирования в ответ на новые результаты, традиционные подходы требуют значительных ручных изменений и повторной настройки. Это ограничивает скорость и эффективность научных открытий, поскольку исследователи тратят значительное время на адаптацию существующих рабочих процессов, а не на анализ полученных данных и формулирование новых гипотез. Отсутствие гибкости не позволяет оперативно реагировать на неожиданные результаты или корректировать направление исследований, что замедляет процесс разработки новых материалов и понимания сложных химических явлений.

Архитектура AtomisticSkills представляет собой иерархическую систему, позволяющую кодирующим агентам выполнять сложные научные исследования путем декомпозиции рабочих процессов на навыки и инструменты, предоставляемые протоколом Model Context Protocol (MCP), и определяемые набором правил, что обеспечивает возможность автоматизации и контроля над процессом исследования под руководством человека.
Архитектура AtomisticSkills представляет собой иерархическую систему, позволяющую кодирующим агентам выполнять сложные научные исследования путем декомпозиции рабочих процессов на навыки и инструменты, предоставляемые протоколом Model Context Protocol (MCP), и определяемые набором правил, что обеспечивает возможность автоматизации и контроля над процессом исследования под руководством человека.

Агентные Атомистические Исследования: Новый Подход

AtomisticSkills представляет собой инфраструктуру для агентных исследований с открытым исходным кодом, предназначенную для автоматизации и ускорения сложных атомных симуляций. Данная платформа позволяет исследователям определять высокоуровневые цели, а затем делегировать выполнение сложных рабочих процессов системе, состоящей из автономных агентов. Это позволяет снизить необходимость в ручном управлении симуляциями и повысить производительность исследований в области материаловедения, химии и разработки лекарств. Инфраструктура разработана для обеспечения гибкости и масштабируемости, что позволяет адаптировать её к широкому спектру задач и вычислительных сред.

Архитектура AtomisticSkills предполагает интеграцию специализированных знаний предметной области с универсальными кодирующими агентами. Это достигается путем наложения слоев, содержащих информацию о материаловедении, химии и фармацевтике, на базовые алгоритмы, управляющие агентами. Такой подход позволяет создавать гибкую и адаптивную среду для исследований, где агенты способны самостоятельно выполнять сложные задачи, используя накопленные знания. В результате, система не требует значительной переработки для решения новых задач, а адаптируется к ним, используя существующие компоненты и знания.

В рамках AtomisticSkills, исследователи могут задавать высокоуровневые цели для моделирования, после чего система автономно выполняет необходимые этапы вычислительного процесса. Это включает в себя автоматический выбор подходящих методов, настройку параметров симуляции, анализ результатов и итеративное уточнение модели. Автономная навигация по сложным рабочим процессам позволяет снизить трудозатраты, ускорить исследования и повысить воспроизводимость результатов, поскольку система последовательно выполняет заданные шаги без ручного вмешательства.

Анализ 500 статей в областях вычислительной материаловедения, химии и разработки лекарственных препаратов показал, что разработанная инфраструктура покрывает приблизительно 56.2% используемых навыков в области материаловедения, 44.9% в химических статьях и 62.4% в публикациях, посвященных поиску и разработке лекарственных средств. Данные показатели отражают способность системы автоматизировать значительную часть типичных исследовательских задач в этих дисциплинах, основываясь на фактическом использовании навыков, зафиксированном в научной литературе.

Анализ покрытия научной литературы показывает, что AtomisticSkills охватывает около 14% статей по компьютерному моделированию лекарственных препаратов и в среднем покрывает 62.4% используемых в них навыков, что демонстрирует значительный потенциал платформы в данной области.
Анализ покрытия научной литературы показывает, что AtomisticSkills охватывает около 14% статей по компьютерному моделированию лекарственных препаратов и в среднем покрывает 62.4% используемых в них навыков, что демонстрирует значительный потенциал платформы в данной области.

Оркестровка Симуляций с Интеллектуальными Агентами

В основе системы лежит использование LLM-управляемых оркестраторов и агентов поиска знаний для автоматизации и управления сложными конвейерами вычислительных симуляций. Оркестраторы, построенные на базе больших языковых моделей, отвечают за координацию выполнения различных этапов симуляции, включая настройку параметров, запуск расчетов и обработку результатов. Агенты поиска знаний обеспечивают доступ к релевантной научной информации, необходимой для оптимизации процесса моделирования и интерпретации полученных данных. Данный подход позволяет автоматизировать рутинные задачи, повысить эффективность симуляций и ускорить процесс научных исследований в области материаловедения, химии и разработки лекарственных препаратов.

Агенты, управляющие симуляциями, функционируют автономно, выполняя запланированные вычисления, анализируя полученные результаты и динамически адаптируя рабочий процесс в соответствии с поступающими данными и изменяющимися исследовательскими целями. Этот процесс включает в себя автоматическую корректировку параметров симуляции, выбор наиболее подходящих алгоритмов и моделей, а также перераспределение вычислительных ресурсов для оптимизации эффективности и достижения требуемой точности. Автоматическая адаптация позволяет системе оперативно реагировать на неожиданные результаты или изменения в приоритетах исследования, минимизируя необходимость ручного вмешательства и ускоряя процесс научных открытий.

В рамках платформы реализована интеграция с высокопроизводительными рабочими процессами (High-Throughput Workflow Frameworks), что позволяет проводить масштабный скрининг материалов и генерировать большие объемы данных. Данная интеграция обеспечивает автоматизацию последовательности вычислительных задач, включая подготовку входных данных, запуск симуляций, сбор результатов и их последующий анализ. Это позволяет значительно ускорить процесс исследования свойств материалов, предсказание их поведения в различных условиях и выявление перспективных кандидатов для дальнейших исследований, значительно превосходя возможности ручного выполнения аналогичных задач.

Производительность системы повышается за счет использования машинного обучения межatomных потенциалов (MLIP) и автоматизированного машинного обучения (AutoML) для эффективного и точного моделирования. Анализ показывает, что AtomisticSkills способен полностью охватить приблизительно 15% статей в области вычислительной материаловедения, 8% статей по вычислительной химии и 14% статей, посвященных вычислительному поиску лекарств. Использование MLIP позволяет значительно сократить вычислительные затраты по сравнению с традиционными методами ab initio, сохраняя при этом приемлемую точность результатов моделирования. AutoML автоматизирует процесс выбора и настройки оптимальных моделей машинного обучения для конкретных задач, оптимизируя процесс анализа и прогнозирования свойств материалов.

Автоматизированный рабочий процесс, объединяющий агентный скрининг МОК и AutoML MLIP, позволяет эффективно исследовать материалы для захвата <span class="katex-eq" data-katex-display="false">CO_2</span> и разрабатывать высокоточные модели потенциальной энергии, демонстрируя снижение MAE при агентной тонкой настройке на данных, полученных из GCMC-симуляций и DFT-расчетов.
Автоматизированный рабочий процесс, объединяющий агентный скрининг МОК и AutoML MLIP, позволяет эффективно исследовать материалы для захвата CO_2 и разрабатывать высокоточные модели потенциальной энергии, демонстрируя снижение MAE при агентной тонкой настройке на данных, полученных из GCMC-симуляций и DFT-расчетов.

Основа Расширяемости: Использование Предметных Знаний

Архитектура системы построена на принципе “Внешней реализации”, где в качестве основы используется универсальный агент кодирования. Этот агент служит платформой, на которую накладываются модульные расширения, содержащие специализированные знания в конкретных областях. Такой подход позволяет легко интегрировать новые навыки и методы, не затрагивая базовую функциональность. Вместо переписывания кода, система адаптируется путем добавления или изменения этих модульных расширений, обеспечивая высокую гибкость и масштабируемость. Это подобно конструктору, где базовый блок может быть дополнен различными функциональными модулями, создавая специализированные инструменты для решения разнообразных задач. Такая модульность существенно упрощает процесс обновления и адаптации системы к изменяющимся требованиям и новым исследованиям.

Архитектура системы спроектирована с учетом простоты интеграции новых навыков и техник, что обеспечивает её адаптивность к меняющимся потребностям исследований. Данный подход позволяет исследователям добавлять или обновлять функциональные возможности без необходимости внесения существенных изменений в базовую структуру. Вместо этого, новые возможности реализуются в виде модульных расширений, которые легко интегрируются с существующей системой. Такая гибкость особенно важна в быстро развивающихся областях науки, где постоянное внедрение инновационных методов является ключевым фактором успеха. Благодаря модульности, система способна оперативно реагировать на новые вызовы и оставаться актуальной на протяжении длительного времени, максимизируя эффективность и расширяя горизонты исследований.

В основе функционирования интеллектуального агента лежит дуальная система, состоящая из “Внутренней обвязки” и “Внешней обвязки”. “Внутренняя обвязка” представляет собой базовый механизм, обеспечивающий основные вычислительные возможности и управление потоком данных. Она служит платформой для реализации более сложных функций. В свою очередь, “Внешняя обвязка” содержит специализированные знания и процедуры, необходимые для решения конкретных задач в определенной области. Эта модульная структура позволяет агенту адаптироваться к различным сценариям, поскольку знания и процедуры могут быть легко заменены или расширены без изменения базовой архитектуры. Таким образом, взаимодействие этих двух компонентов обеспечивает гибкость и эффективность интеллектуальной деятельности агента, позволяя ему успешно выполнять сложные задачи и приспосабливаться к меняющимся условиям.

Для повышения способности системы к рассуждениям и использованию внешних источников информации применяются методы генерации с поиском подтверждений (RAG). Данный подход позволяет системе не просто генерировать ответы на основе имеющихся знаний, но и активно искать релевантную информацию из внешних баз данных и документов, прежде чем сформировать окончательный ответ. Это значительно расширяет возможности системы, позволяя ей оперировать более широким спектром знаний и обеспечивать более точные и обоснованные результаты. По сути, RAG действует как интеллектуальный фильтр, отбирающий наиболее важные сведения из огромного потока информации и интегрирующий их в процесс генерации ответов, что делает систему более надежной и адаптивной к новым задачам и данным.

Автоматизированный анализ рентгеноструктурного анализа (РСА) с использованием агента позволяет извлекать данные из экспериментальных спектров, определять состав материалов, предлагать рецепты синтеза и проводить скрининг поверхностей оксидов железа для реакции выделения кислорода (OER), прогнозируя их каталитическую активность на основе предсказаний MLIP и дескриптора <span class="katex-eq" data-katex-display="false"> \Delta G\_{\rm O\<i>}-\Delta G\_{\rm OH\</i>} </span> в соответствии с теоретическими пределами.
Автоматизированный анализ рентгеноструктурного анализа (РСА) с использованием агента позволяет извлекать данные из экспериментальных спектров, определять состав материалов, предлагать рецепты синтеза и проводить скрининг поверхностей оксидов железа для реакции выделения кислорода (OER), прогнозируя их каталитическую активность на основе предсказаний MLIP и дескриптора \Delta G\_{\rm O\<i>}-\Delta G\_{\rm OH\</i>} в соответствии с теоретическими пределами.

К Самостоятельному Открытию Материалов: Взгляд в Будущее

Интеграция автономных агентов, взаимодействующих с аппаратным обеспечением, представляет собой качественно новый подход к материаловедению, позволяющий замкнуть цикл между цифровым планированием и физическим экспериментом. Такая система способна самостоятельно генерировать гипотезы о материалах, планировать синтез, проводить необходимые эксперименты с использованием роботизированного оборудования и анализировать полученные результаты — всё без участия человека. Это позволяет значительно ускорить процесс разработки новых материалов, поскольку итерации между теорией и практикой происходят в автоматическом режиме, обеспечивая быструю проверку и валидацию гипотез. Вместо длительных и трудоемких ручных исследований, ученые получают инструмент для быстрого прототипирования и оптимизации материалов с заданными свойствами, открывая новые возможности для инноваций в различных областях науки и техники.

Интеграция агентивных сред разработки, таких как Google Antigravity и OpenClaw, с платформой AtomisticSkills открывает принципиально новые возможности в материаловедении. Эти среды, функционирующие как интеллектуальные помощники, позволяют автоматизировать сложные процессы планирования и проведения экспериментов на атомном уровне. AtomisticSkills предоставляет набор инструментов и протоколов для управления лабораторным оборудованием и анализа данных, а агентивные IDE обеспечивают интерфейс для создания и выполнения “агентов” — программ, самостоятельно формирующих гипотезы, предлагающих эксперименты и интерпретирующих результаты. Такое бесшовное взаимодействие позволяет значительно ускорить цикл исследований, поскольку агенты способны не только автоматизировать рутинные задачи, но и самостоятельно адаптировать стратегии поиска в зависимости от получаемых данных, приближая создание материалов с заданными свойствами.

Замкнутая система, объединяющая алгоритмы планирования и физическое экспериментирование, позволяет проводить итеративное улучшение материалов с беспрецедентной скоростью. Этот процесс, подобный эволюционному отбору, заключается в постоянном тестировании и корректировке составов и структур, направленном на достижение заданных свойств. Каждая итерация предоставляет новые данные, которые используются для оптимизации следующих экспериментов, что значительно ускоряет поиск принципиально новых соединений с улучшенными характеристиками. Благодаря автоматизации и постоянному обучению системы, становится возможным преодолеть ограничения традиционных методов, требующих значительных временных и трудовых затрат, и существенно продвинуться в области материаловедения, открывая путь к созданию материалов будущего.

Будущее материаловедения неразрывно связано с разработкой автономных исследовательских систем, способных самостоятельно проектировать, синтезировать и характеризовать новые материалы. Эти системы, объединяющие алгоритмы машинного обучения с роботизированным оборудованием, позволяют значительно ускорить процесс открытия инновационных соединений, обходя ограничения традиционных методов, требующих значительных временных и трудовых затрат. Автономные системы способны не только предлагать новые материальные композиции, но и верифицировать их свойства посредством автоматизированных экспериментов, создавая замкнутый цикл проектирования и тестирования. Такой подход обещает революционизировать область материаловедения, открывая возможности для создания материалов с заданными свойствами для широкого спектра применений, от энергетики до медицины, и существенно сокращая время от идеи до практической реализации.

На представленных скриншотах продемонстрировано применение AtomisticSkills в среде Google Antigravity, позволяющее управлять атомистическими процессами в виртуальной реальности.
На представленных скриншотах продемонстрировано применение AtomisticSkills в среде Google Antigravity, позволяющее управлять атомистическими процессами в виртуальной реальности.

Исследование, представленное в статье, демонстрирует, что попытки создания абсолютно надежных систем обречены на неудачу. Авторы предлагают не строить, а взращивать исследовательскую инфраструктуру, подобно экосистеме, где модульные навыки и инструменты взаимодействуют, создавая устойчивое целое. Это напоминает слова Стивена Хокинга: «Главная опасность — не то, что мы можем сделать, а то, что мы не можем предвидеть». Именно непредсказуемость, возможность сбоев и адаптации, делает систему живой и способной к развитию. Подход, описанный в статье, к созданию AtomisticSkills, где акцент делается на воспроизводимости и надежности отдельных компонентов, позволяет системе эффективно справляться с неизбежными ошибками, а не пытаться их исключить любой ценой. Система, которая никогда не ломается, действительно мертва — она лишена способности к обучению и эволюции.

Куда же это всё ведёт?

Представленная работа, подобно тщательно взращенному саду, демонстрирует потенциал агентных систем в сфере атомистических исследований. Однако, стоит признать, что сам сад пока что мал, а его плоды — лишь первые ростки. Истинный вызов заключается не в создании отдельных “навыков”, а в формировании экосистемы, где эти навыки способны к спонтанному сотрудничеству и адаптации к неожиданностям. Каждый архитектурный выбор, каждая, казалось бы, незначительная деталь, несет в себе пророчество о будущем сбое; игнорировать эту диалектику — значит обречь систему на преждевременное увядание.

Не стоит обольщаться иллюзией полной автоматизации. Устойчивость научного поиска не в изоляции компонентов, а в их способности прощать ошибки друг друга, в возможности человека вмешиваться и направлять процесс. Задача не в том, чтобы заменить ученого, а в том, чтобы предоставить ему инструменты, позволяющие исследовать более сложные ландшафты, видеть скрытые закономерности и ускорять процесс познания.

В дальнейшем, особое внимание следует уделить развитию самообучающихся систем, способных самостоятельно генерировать новые навыки и адаптироваться к меняющимся требованиям. А также — созданию более гибких и отказоустойчивых архитектур, позволяющих эффективно справляться с неопределенностью и непредсказуемостью реальных научных задач. Система — это не машина, это сад; и, как любой сад, она требует постоянного ухода и внимания.


Оригинал статьи: https://arxiv.org/pdf/2605.24002.pdf

Связаться с автором: https://www.linkedin.com/in/avetisyan/

Смотрите также:

2026-05-26 07:51